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Matthieu Amiguet est né à Lausanne en 1974. Il a obtenu en 2000 un Certificat Supérieur de flûte traversière au Conservatoire de Neuchâtel, dans la classe de Charles Aeschlimann et en 2004 un certificat "option jazz" avec Mathieu Schneider au Conservatoire de La Chaux-de-Fonds.
En parallèle, il a obtenu un diplôme de mathématicien et réalisé une thèse en informatique à l’Université de Neuchâtel. Il est actuellement professeur chargé d’enseignement en informatique à la Haute École Arc Ingénierie au Locle et à St-Imier.